La bicrucífera nació con el Partido Nacionalista Vasco (PNV), cuyo simbolismo y diseño conceptual fue obra de Sabino Arana, fundador de la formación, mientras que su hermano Luis puso las dimensiones y la dibujó.
Por primera vez, se izó el 14 de julio de 1894 con la inauguración del Euzkeldun Batzokija, primer centro nacionalista vasco (precursor de los batzokis del PNV) en la calle Correo de Bilbao. En aquel momento, simbolizaba exclusivamente a la provincia de Vizcaya.
El fundador del PNV planteó un neologismo para nombrarla: ikurra (símbolo) y ehuna (tela), graficándola en vizcaíno como ikuŕiña; es decir, que el nombre de ikurriña no prosperó hasta la posguerra.
En 1932, en la fiesta de la Patria del PNV (conocida posteriormente como Aberri Eguna), los correligionarios del partido portaron más de 200 bicrucíferas por las calles de Bilbao hasta la casa de Sabino Arana (fallecido en 1903), sede del partido, donde la víspera se había izado una gran bandera. Al año siguiente, la Asamblea Nacional del PNV de Tolosa designó la bicrucífera vizcaína como "la bandera nacional de Euzkadi". La decisión encontró la fuerte oposición del presidente del partido, Luis Arana, hermano de Sabino y que se aferraba a su significado original.
La bandera del PNV no fue oficial hasta el año 1936, en plena guerra civil, cuando el Gobierno provisional del País Vasco publicó dos decretos: el primero, de presidencia, firmado por el peneuvista José Antonio Aguirre, para normalizar y regular el empleo de la "bandera de Euzkadi" en corporaciones y centros oficiales; y el segundo, de Industria, firmado por un socialista, sobre la obligatoriedad para buques mercantes de izar la "bandera de Euzkadi" en proa y la de la República en popa.
La dictadura de Franco prohibió la ikurriña. Al pasar a la clandestinidad, se convirtió en un emblema antifranquista, símbolo de la libertad y de la resistencia vasca, siendo también la enseña que enarbolaba la banda terrorista ETA en sus comunicados.
Al año de la muerte del dictador, el 5 de diciembre de 1976, en el derbi futbolero entre la Real Sociedad y el Athletic de Bilbao, en el estadio de Atocha de San Sebastián, los capitanes de los equipos, Cortabarría e Iríbar, salieron al campo portando una ikurriña. A partir de aquel día, el nacionalismo vasco organizó una hábil campaña de presión en los ayuntamientos para provocar la legalización de la enseña del PNV.
En aquella época preautonómica, el Gobierno central, presidido por Adolfo Suárez, no quiso abrir un frente nuevo a los muchos problemas de la Transición. El ministro de Gobernación, Martín Villa, tras reunirse con algunos alcaldes en enero de 1977, adoptó una medida salomónica de tolerancia con la enseña aranista: ni la autorizó, ni la prohibió.
La instrucción del 19 de enero a los gobernadores civiles afectados tenía una doble consigna: por un lado, la bandera nacional debería ondear en lugar preferente; y, por otro, las fuerzas del orden no perseguirían el uso o exhibición de la bicrucífera. De este modo, el mandato dejaba a las corporaciones la decisión de colocar la bandera.
El Ayuntamiento de San Sebastián se reunió de urgencia para aprobar la exhibición de la ikurriña. Aquella noche, víspera de San Sebastián e inicio de la tamborrada, se izó conforme al mandato gubernamental junto a la enseña nacional en la plaza de la Constitución. En días posteriores, los consistorios vivieron una fuerte polémica, unos a favor y otros en contra. Se propuso un referéndum, que nunca se celebró.
Algunos sectores políticos vasconavarros manifestaron su desacuerdo con la medida, porque entendían que la bicrucífera era una bandera partidista. De hecho, muchos cargos (concejales y diputados), no necesariamente rescoldos del franquismo, presentaron su dimisión.
Dos años más tarde, en diciembre de 1979, con la aprobación de la Ley Orgánica del Estatuto de Autonomía para el País Vasco, la bandera aranista del PNV, sin dejar de serlo, se convirtió oficialmente en la bandera de Euskadi, según reza el artículo 5: "La bandera del País Vasco es la bicrucifera, compuesta de aspa verde, cruz blanca superpuesta y fondo rojo".
La incorporación de la ikurriña a la Comunidad Autónoma Vasca (CAV) no fue algo circunstancial, pero lo peor es que el PNV ha metido toda la simbología del partido en el Gobierno vasco (como el Laurak bat) y en la CAV (como el concepto Euskadi y el himno Eusko Ereserkia) . En consecuencia, no hay límite entre el partido y el Gobierno vasco, lo cual explica la longeva hegemonía del PNV en el poder autonómico. Tampoco es de extrañar que, siendo Patxi López lehendakari, este fuese considerado por el PNV como un outsider, por intentar cambiar el himno oficial al Gernikako Arbola.
Hace casi tres años, el cuatripartito navarro, presidido por la peneuvista Uxue Barkos, derogó la Ley de Símbolos de Navarra del 2003 con la intención de que la ikurriña tuviese vía libre para ondear en los ayuntamientos navarros. Afortunadamente, las resoluciones de la justicia han impedido la propagación de la enseña aranista en la Comunidad foral, no por ser de partido, que lo es, sino por ser representativa de otra autonomía.
En el último pleno del Parlamento de Navarra, la expresidenta Barkos ha pretendido engañar, una vez más, a los navarros, diciendo que la ikurriña "no es una bandera de un partido, que es como cualquier otra bandera, la que se corresponde con sentimientos identitarios".
¿Acaso el PNV ha renunciado alguna vez a su bandera? La realidad es que la ikurriña es la enseña de la Comunidad Autónoma Vasca sin haber dejado de ser una bandera de partido.